Resultatet af næsten 400 års selektiv avl har historikere en tendens til at støtte miniatyrhestenacen som et derivat af mange kilder. I forhistorisk tid var små hesteacer sandsynligvis produkterne fra overlevende hårdt naturligt klima og begrænset foder. I dag har viden om genetik gjort muligheden for at avle specifikt for størrelse en realitet.

Den første omtale af en lille hest, der blev importeret til De Forenede Stater, var i 1888; og forskning viser kun lidt offentlig opmærksomhed om ægte Miniaturer indtil 1960. Populær tro er, at amerikanske miniatyrheste benyttede blodet fra engelske og hollandske mineheste, der blev bragt ind i dette land i det 19. århundrede og anvendt i nogle appalachiske kulminer så sent som i 1950. Den amerikanske Miniature Horse, som dokumenteret i stamtavlerne til Miniatures i dag, trak også på Shetlands-ponyens blod. Gennem sin farverige fortid var racen Miniature Horse avlet til kæledyr, nyhed, forskning, monetær gevinst, minearbejde, udstilling og kongelige gaver.